当初，厄里纳斯死亡，巨大的尸体躺在枫丹的土地上，污染了周围的土地和水源。
枫丹处理了污染，但无法处理尸体。
雅各布在里面感受到了深渊的力量，雷内分析，或许可以利用厄里纳斯的血肉来增强雅各布的力量。
但这是推论，为确保安全，他决定先进入自然哲学学院，再利用那里的资源得到安全的实验数据后再来吸收厄里纳斯的血肉，毕竟深渊造物的血肉对人类是剧毒，雷内不敢用雅各布的命去赌。
但雅各布瞒着雷内进入厄里纳斯体内，吸收了它的血肉，好在只是出现了一些排斥反应，没有严重的后果。
一周之后，到了雷内与阿兰见面的日子，四个人还是和小时候一样要好，雷内一直戴着阿兰送给他的怀表。
他们聊了很多，但两人并没有将自己这段时间的遭遇告诉阿兰，因为阿兰的养父埃马纽埃尔也在场。
雷内认识他是执律庭的人，也记得当年的白淞之围。
此时，阿兰已经进入自然哲学学院。
雷内与他约好学院再见。
阿兰向院长举荐了雷内和雅各布二人。
对于他们能否顺利进入，阿兰并不担心。
首先，哲学院院长就是曾经和副院长贝瑟他们一起居住在水仙十字院的德怀特。
其次，他们两人也是学院不可多得的人才。
而雷内和雅各布在此期间也没有闲着，继续测试雅各布的力量，并时不时吸收厄里纳斯的血肉。
厄里纳斯确实死了，尸体失去了活性，但意识还在。
每次雅各布的行动它都知道，并很高兴自己可以帮助他的忙。
经过一段时间吸收，雅各布可以短暂打开连接深渊的“通道”，通道里常常钻出兽境猎犬。雅各布很害怕，一边哭一边把它们消灭了。
学院的通知很快下来了，雷内和雅各布毫不意外地被录取，他们被分配到阿兰的实验室里。
然而，学院的其他成员却对他们颇有微词，出于对他们才能的畏惧与嫉妒，研究员们十分厌恶这两位新成员。
但碍于学院长德怀特，他们无法对雷内等人做出应激行为。
雷内因为被分配到阿兰身边，之前的实验不能开展下去。
不过他并不着急，自己有的是时间。
此时，阿兰正在埋头研究机械和荒芒能量可控性湮灭的技术。
如果成功，不仅可以解决枫丹的能源问题，还能以此弄清荒芒能量的本质。
在此期间，雷内对院内的研究员们进行考察，但失望的是，这里的人员实力平平，根本没有可以称得上天才的人，甚至对自己和阿兰抱有敌意。
但是，雷内此时急需人脉与资源，他必须去拉拢他们。
而雅各布这段时间的变化让雷内十分高兴，雷内相信，只要让更多的人接受深渊的力量，末日的问题很快就能迎刃而解。
一日，上面下达了一则前往田野调查的任务，带领雷内的人则是阿兰的助手卡特。
卡特与其他研究员不同，对雷内他们没有敌意，这次的任务本质上也是出去放松游玩。
一行人来到了佩特莉可镇，玛丽安也在。
他们玩的很开心，卡特用留影机拍摄了很多照片，尤其是玛丽安。
卡特认为，阿兰总是忙于研究，没机会见证妹妹的成长，将来一定会后悔，于是决定帮他留下纪念。
阿兰自然是不知道卡特的良苦用心，他和雷内在玩耍中也不忘了工作。
佩特莉可镇建立在古代文明雷穆利亚的遗址上，两人对这里的遗迹非常感兴趣。
经过这次游玩，众人的关系拉近了不少，而雷内与阿兰也了解到了卡特的身体状况。
卡特患上了一种难以治愈的疾病，平时经常要休假养病。
雷内后知后觉，他觉得时间紧迫，需要尽快展开研究，说不定可以治愈卡特的病。
雷内将自己的想法与计划告诉了阿兰，希望可以得到好友的帮助，但阿兰对自己的能力过于自信，他并不相信雷内，拒绝了他。
雷内没有放弃，他和雅各布已经在学院里收拢了不少人，如果能说服他们，也能得到很大的帮助。
于是，雷内和雅各布制作起了『揭示之书』，这本书会呈现出人们心中最接近末日的景象。
他们在书中留下了纸条，拉拢来到这里的人。
之后，雷内向学院长德怀特申请了自己研究深渊的计划。
考虑到如今的枫丹遍布污染的现状，雷内的计划获得批准并获得了自己的实验室。
在实验室里，雷内研究起了深赤之石、黑泥等与深渊有关的东西。
目前，吸收深渊力量而获得进化的样本只有雅各布一例，雷内迫切需要做的，就是增加样本的数量，来证明自己计划的可行性，重新雅各布的奇迹。
然而，现在的他不能肆意去做人体实验，研究很快到了瓶颈，好在之前他们制作的揭示之书起到了很大的作用，加之雅各布的一些小把戏，让雷内收获了不少忠实的信徒。
随着组织的规模越来越大，雷内给它取了个名字——水仙十字结社。
在雷内研究期间，卡特的病情恶化了，此时的卡特已经是水仙十字院四人的朋友。
所以，无论雷内和阿兰手上有多么要紧的研究，他们都会抽空去医院探望卡特。
探望期间，卡特得知了他们也是来自水仙十字院。
众人在一起畅聊过去，生活似乎都无比的熟悉，唯一让卡特感到陌生的则是副院长的点心。
在卡特的记忆中，副院长的点心是难以下咽的。雷内等人注意到卡特还没意识到副院长的离开，便对此只字不提。
随后，他们将话题移到了研究中，卡特建议阿兰制造了一个有意识的留影机。
阿兰并没有立刻表达意见，但后来还是造出了机械狗西摩尔。
后来，卡特出院的时候，阿兰的实验取得巨大突破，可控的荒芒湮灭反应成功出现在了实验室。
雷内与雅各布闻讯而来，一向不苟言笑的阿兰激动地冲向了他们，没有休假的卡特也有幸见证了这一幕。
不过，阿兰并不在乎自己的研究能给世界带来怎么样的改变，他只是继续转向了另一方面的工作。
然而，实验成功的喜悦并没有持续多久，卡特的病情进一步恶化。
学院长派人前来问诊，阿兰建议卡特去须弥治疗，但卡特已经没有了意识，无法动身，雷内飞快将卡特的血液和皮肤样本送至须弥。
每个人都在尽全力拯救卡特，但最终还是无济于事。
四个人一边忙着各自的事情，一边去医院探望卡特。
阿兰因为实验换了新的项目，需要搬到更大的实验室去，但他还是没有搬，因为自己担心卡特回来找不到路。
雅各布在探望卡特期间想到了可以通过吸收深渊力量治疗他的病。
如果成功，卡特就能痊愈。
他将这个想法告诉了雷内，雷内犹豫再三，觉得要让卡特自己决定。
等到卡特可以下床，两人将他约到实验室，告诉了他所有关于自己研究深渊的一切信息。
不过，卡特早已下定决心。
与其在医院里等死，不如放手一搏。
不幸的是，实验最终失败，卡特吸收了深渊力量后变成了一个不可名状的怪物，这也证明了雅各布仅仅只是一个特殊的个例。
在深渊力量的影响下，卡特的身体组织开始迅速崩溃，雷内却没有停止实验，他不能让卡特白白牺牲。
他找来了许多素材来逆转卡特的状态，甚至用上了魔神残渣，但还是失败。
雷内比任何人都清楚深渊力量的位格，这些东西根本无法遏制深渊力量的扩散。
现在，他唯一能做的，就是保留现在的卡特，阻止他进一步崩溃。
“卡特”还活着，甚至还能发出自己的声音，哪怕切除了所谓的发声器官，一到三天后还能重新生长回来。
纸包不住火，阿兰很快得知了这件事。
最终，雷内与阿兰两位天才走向了决裂。
这次的失败不仅让雷内失去了两位重要的友人，也宣告了自己利用深渊力量实现人类进化计划的破产。
之后，在与雅各布的商量后，雷内找到了新的方案，而阿兰也搬到了新的实验室里。